Prestasi Madrasah
Prestasi MAN Yogyakarta III
- Perpustakaan terbaik nasional
- Sekolah Sehat Nasional
- Adiwiyata Nasional
- Kerjasama Sister School : Man Insan Cendikia Serpong, SAMT Malaysia, Madrasah Wak Tanjong Singapura, UTTC Thailand, Sekolah Sultan Alamsyah Putrajaya Malaysia.