Program Unggulan
- Penguatan Akademik : masuk jam 06.30 -16.30. melalui optimalisasi KBM, Layanan Prima Perpustakaan, Layanan Laboratorium, Layanan Klinik mata pelajaran, Layanan Konseling.
- Branding Madrasah : Madrasah para Juara.
- Destinasi Wisata Pendidikan (Perpustakaan MAYOGA)
- Adiwiyata (Green and Clean School). MAYOGA membina dan mendampingi 13 Madrasah di Kabupaten Sleman. Tahun 2014. 13 Madrasah tersebut telah memperoleh Adiwiyata Tingkat Kabupaten
- Sistem Manajemen Mutu (SMM) ISO 9001/2008. Prosedur Pelayanan Standar Pendidikan.
- Akreditasi (visitasi 22-23 September 2014, Nilai A/97)
- Fisika
- Kimia
- Biologi
- Matematika
- Ekonomi
- Astronomi
- Geografi
- Olah Raga (Sepak bola, footsal, Pencak silat, Basket, Catur, Tenis Meja, Bulu TAngkis, Atletik, Senam)
- Seni (Hadroh, Nasyid, Pabuan Suara, Band Islami, Kaligrafi)
- Iptek : ROKET, LKTI
- Mapel : Fisika, Kimia, Biologi, Matematika, Ekonomi, Sosiologi, Geografi
- Bahasa dan Budaya : Lomba Pidato Bahasa Indonesia, Arab, Inggris, Karawitan
- Pramuka, PERPRASISMA, PDT, Scout Camp
- Tahfidzul Quran terjadwal
- MAyoga Dai Club
- Pagi Asmaul Husna
- Pagi Kultum dan Tadarus Al-Quran (7 menit sebelum KBM jam pertama)
- Dhuha terjadwal
- MBL
- MEC
- MDC
- ROHIS
- KIR
- PMR
- KSJ
- Palagama
- Karawitan
- Da’i
- Jurnalis > Jurnalis Mayoga (JURMA)
- Kepemimpinan
- AMT
- Konselor Remaja
- Fiqhun Nisa
- Pengolahan Limbah
- Kerajinan
- Bahasa Asing
